Os Fundos Setoriais existem no Brasil desde 1999 e têm a função de impulsionar o financiamento de projetos de desenvolvimento no país, especialmente nas áreas de tecnologia e pesquisa.
Cada fundo possui recursos intransferíveis, ou seja, não podem ser transferidos de um fundo para o outro, sendo que existe uma lei específica para o funcionamento de cada um deles. Ainda, cada Fundo Setorial possui duração superior ao exercício fiscal, ou seja, são plurianuais.
Nos dias atuais, existe 16 Fundos Setoriais em solo nacional:
- CT-Aero: voltado ao setor aeronáutico;
- CT-Agro: voltado ao setor de agronomia;
- CT-Amazônia: voltado ao desenvolvimento de pesquisa na Zona Franca de Manaus;
- CT-Aquaviário: voltado ao setor de transporte aquaviário;
- CT-Biotec: voltado ao setor de pesquisa em biotecnologia;
- CT-Energia: voltado ao desenvolvimento de programas para o uso de energia, especialmente em questões de sustentabilidade;
- CT-Espacial: voltado ao setor espacial;
- CT-Hidro: voltado ao setor de gerenciamento de recursos hídricos;
- CT-Info: voltado ao setor da computação e recursos tecnológicos;
- CT-Infra: voltado ao setor de infraestrutura;
- CT-Mineral: voltado ao setor de exploração mineral;
- CT-Petro: voltado ao setor de exploração de petróleo e gás natural;
- CT-Saúde: voltado ao setor de saúde e aprimoramento do SUS (Sistema Único de Saúde);
- T-Transporte: voltado ao setor de transporte rodoviário e de carga;
- Fundo Verde-Amarelo: voltado à integração entre empresas e universidades;
- FUNTTEL (Fundo para o Desenvolvimento Tecnológico das Telecomunicações): voltado à inovação em tecnologia para o segmento de telecomunicação.
Os Fundos Setoriais são estruturados pela União, responsável por fomentar esses fundos com recursos, os quais são originados pelos impostos e tributos cobrados em determinados setores da sociedade, sobretudo o empresarial e industrial, bem como o aproveitamento de licenças e royalties.
As decisões de investimentos desses fundos são tomadas em comitês técnicos e independentes, que contam com a presença de órgãos reguladores do mercado e representantes dos Ministérios da Federação.
Por fim, os Fundos Setoriais são essenciais para o desenvolvimento nacional, bem como garantem uma aplicação adequada de recursos provenientes de impostos e tributos.